本发明公开一种火电厂变耗差计算方法、系统、设备及存储介质，该方法包括：根据操作影响参数和机组运行参数构建操作运行关系模型；计算当前时刻各操作影响参数发生预设扰动的变化时对应的机组运行参数的变化量，计算受该操作影响参数的变化直接影响的对应的机组运行参数的单位变化量，结合当前时刻对应的运行工况的机组运行参数的耗差系数，计算各操作影响参数在当前时刻对应的运行工况的单位操作耗差，构建操作耗差计算模型；根据机组运行参数标杆值计算出当前时刻的机组运行参数的耗差，计算待输入的操作影响参数与当前时刻的操作影响参数的差值，结合构建获得的操作耗差计算模型计算待输入的操作影响参数的耗差。