本发明涉及生物技术领域，尤其是一种基于转录数据的microRNA预测方法及系统，其中，所述基于转录组数据的microRNA预测方法，包括如下步骤：获取目标生物的转录组数据；利用所述非冗余蛋白数据库从转录组数据集中筛选出非蛋白编码序列；从所述非蛋白编码序列上滑动截取多个microRNA预测候选前体序列；利用现有microRNA成熟体序列筛选microRNA前体序列，并利用现有microRNA成熟体序列结合所述microRNA前体序列的二级结构，从microRNA前体序列筛选出所述目标生物在不同成长阶段的microRNA成熟序列。本发明利用转录组数据充分结合已知的蛋白编码序列和microRNA成熟体序列，实现了对目标生物在不同成长阶段的microRNA精准预测，为生物学研究和基因调控网络的探索提供了强大的工具。