本发明涉及电力继电保护技术领域，公开了一种小电阻接地配电网的高阻接地故障保护方法及系统，本方法通过将工频零序电流有效值与预设的最大不平衡电流阈值进行比较，还将工频零序电压有效值与预设的零序电压下限阈值进行比较，同时，通过计算每条馈线出线在发生高阻接地故障前后的三相有功功率工频变化量比值，并确定每条馈线出线的最大有功功率工频变化量比值，利用最大有功功率工频变化量比值与预设的动作整定值进行比较，若最大有功功率工频变化量比值大于预设的动作整定值，则发出动作跳闸指令，以对相应的馈线进行切断，从而对高阻接地故障进行正确识别且快速反应，且避免了在较高的过渡电阻下对高阻接地故障的识别失效的问题发生。