本公开属于电力系统技术领域，具体涉及一种基于模糊PI控制的飞轮储能并网启动控制方法及系统，包括：基于永磁同步电机的定子电流和定子电压计算机侧变换器的电流；根据所得到的机侧变换器电流和永磁同步电机实时转速，判断飞轮储能系统是否达到正式并网阶段；当达到正式并网阶段时，基于模糊PI控制进行网侧变换器功率外环和机侧变换器直流电压外环的控制切换，完成飞轮储能并网的启动控制。本公开将并网启动分为恒转矩启动阶段、恒功率启动阶段、预并网阶段和正式并网阶段四个阶段，通过模糊控制与PI控制的结合，实现并网控制参数的在线自整定。