本发明公开了一种嵌合型鹅细小病毒及其应用。所述嵌合型鹅细小病毒基因组核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明将NGPV分离株SDJN19的保护性抗原基因VP3导入经典型鹅细小病毒弱毒疫苗株SYG61v的感染性质粒pSYG61v，获得嵌合质粒pSYG‑nVP3。将嵌合质粒转染鹅胚拯救出感染性病毒rSYG‑nVP3。rSYG‑nVP3能够在10日龄鹅胚中良好增殖，ELD50达到104.6/0.2ml。该嵌合病毒对雏鸭安全性高，以50个ELD50剂量免疫1日龄樱桃谷鸭，产生的抗体应答水平能够抵御NGPV野毒株SDJN19的感染，是防治鸭SBDS的一种具有良好应用前景的弱毒疫苗株。