本发明为一种具有直流短路故障保护的三端口直流变换器及工作方法，包括一个故障限流电路、三个部分功率H桥电路、一个部分功率三相桥电路、一个三相变压器模块；故障限流电路一端与直流电源的输入端连接，另一端与部分功率三相桥电路和第一部分功率H桥电路连接，三个部分功率H桥电路串联传输总功率范围中的主要功率，部分功率三相桥电路用于传输总功率范围中的部分功率；三相变压器模块用于连接三个部分功率H桥电路和一个部分功率三相桥电路；本发明在实现功率变换多端口输出的前提下，具备直流端故障电流限制和短路故障隔离功能，减少电网断路器和其他故障限制装置的投入使用，降低后期的维护成本。