本发明公开了一种永磁同步电机转子永磁体温度估算方法，包括：S1，测量不同电流不同温度下的q轴电压(2v)次谐波幅值；S2，计算不同电流下的aq、bq和cq，形成查找表LUT；S3，根据当前电流计算参考q轴电压(2v)次谐波幅值；S4，测量实际q轴电压(2v)次谐波幅值，将其与相应参考电压谐波幅值的偏差输入PI控制器；S5，获得永磁体温度。本发明基于一阶齿谐波估算转子永磁体温度，不需要使用电机电感和电阻参数，从而避免了参数变化对永磁体温度估算的影响；也不需要考虑逆变器非线性的影响，提高了永磁体温度估算的精度。