本发明提供了一种番茄种子预处理方法，属于番茄种子处理技术领域，所述番茄种子预处理方法包括第一次处理、第二次处理、第三次处理以及第四次处理；所述第二次处理，将一次处理后的番茄种子置于浸泡液中，浸泡时间为0.8‑1.2h，浸泡温度为25‑27℃，然后以0.1‑0.3℃/min的速率升温至34‑36℃，继续浸泡1.2‑1.6h，浸泡结束后置于微波装置中进行微波处理，微波时间为4.3‑5.7min，微波功率为230‑242W，微波处理结束后捞出并用去离子水洗涤，制得二次处理后的番茄种子；采用本发明的方法对番茄种子处理后，发芽率高，产量高，并且番茄品质和口感佳。