本发明提供一种基于单激发BUDA采集和联合约束重建的MR成像方法及系统，其中方法，首先利用回波平移EPI技术，通过一次激发采集一对相位编码方向相反的多回波数据集，并在层面编码方向采用CAIPI/SMS激发技术加速采集；然后将采集的多回波数据集进行SENSE重建，获得形变相反的图像，以获得磁场不均匀分布情况的场图；最后利用获得的场图和采集的多回波数据集作为基于联合稀疏和低秩约束的磁共振平面回波成像重建模型的输入，获得无形变的磁共振图像，本发明能够降低扫描时间、提高成像时间分辨率。