本发明公开了一种基于代理函数的储层微粒运移数值模拟方法，包括收集油藏基本静态和动态信息，根据储层微观特征将储层分类；通过室内岩心驱替实验，获取各类型储层的微粒运移的实验基础参数；基于实验基础数据，建立储层微粒运移流固耦合模型，获得各类型储层的微粒运移的主控因素和代理函数；根据代理函数得出不同类型储层的微粒运移模拟的储层物性变化规律，实现微粒运移模拟等效表征；根据室内实验结果，调整微粒运移的主控因素，进行历史拟合；根据历史拟合参数进行数值模拟预测。通过本发明能够定量表征在注水冲刷的过程中，岩石孔隙中微粒发生脱落、运移、膨胀和堵塞等过程，揭示了微粒运移的机理，加强了微粒运移过程表征的准确性。