本发明公开了一种工程施工进度管理系统及运行方法，涉及工程施工进度管理技术领域。该工程施工进度管理系统及运行方法，包括多个移动终端和一个工程施工进度管理平台，且所述移动终端和工程施工进度管理平台之间通过互联网连接；移动终端包括实时监控模块，用于获取工程施工进度，监测各小组进度信息参数和各异常进度小组信息参数；所述工程施工进度管理平台包括数据处理模块，用于根据数据处理模块获取的工程施工进度信息，实现对个人进度的监控和分析，并评估实际完成进度风险系数，调整个人进度、各异常进度小组的进度风险系数及进度风险管理系数，解决了现有技术中的工程施工进度管理系统难以评估工程施工进度管理中存在的风险程度的问题。