一种高压并联电抗器的匝间保护方法及装置，其特征在于，所述方法包括以下步骤：采集所述高压并联电抗器的实时电流、实时电压，并计算所述高压并联电抗器的零序电流、零序电压；根据所述高压并联电抗器的实时电压推算出实时电压突变后的实时磁链，从而识别并排除所述高压并联电抗器发生铁芯饱和的情形；基于所述高压并联电抗器的零序电流、零序电压检测所述高压并联电抗器是否同时满足零序方向保护判据和零序阻抗保护判据，在同时满足两个判据时，触发匝间保护动作。本发明准确、有效，能够精确区分出电压突变时刻电抗器的饱和与匝间故障，从而克服了因铁芯饱和造成的匝间保护误动问题。