本发明涉及电数字数据处理技术领域，具体涉及一种氢燃料电池供能系统并网控制器的电能流向管理系统，该系统包括模型构建模块，用于构建得到初始的隐马尔可夫模型；数据获取模块，用于获取增量数据集合；影响分析模块，用于获取增量数据集合中每个实时电能负载功率的模型影响因子；概率分析模块，用于获取新时序数据中每种电能负载功率转移状态的状态转移概率，以得到目标状态转移矩阵；模型更新模块，用于根据目标状态转移矩阵对初始的隐马尔可夫模型进行模型更新，以利用更新后的隐马尔可夫模型进行并网控制器的电能流向管理，提高了更新后的隐马尔可夫模型的预测能力，使得并网控制器根据预测结果进行电能流向管理的效率更高、更稳定。