本发明公开了一种燃料电池虚拟惯量构网控制方法及系统，本发明包括：对燃料电池运行过程中的输出电流和输出电压进行检测；根据输出电流和输出电压按照预设算法计算燃料电池最大功率输出点对应的临界电流值；判断燃料电池输出电流是否大于临界电流值；当燃料电池输出电流小于或等于临界电流值时，对燃料电池的输出先采用恒定直流侧电压控制进行DC/DC变换，再采用虚拟同步控制进行DC/AC变换；当燃料电池输出电流大于临界电流值时，对燃料电池的输出先采用临界电流限流控制进行DC/DC变换，再采用基于直流侧电压反馈的虚拟同步控制进行DC/AC变换。本发明可靠稳定性更高。