本申请公开了一种用于汇聚分流设备的报文去重方法及其系统。其首先获取待处理汇聚分流设备在预定时间段内多个预定时间点的网络流量数据和报文数据，接着，从所述报文数据中提取报文特征，然后，对所述各个预定时间点的报文特征进行特征间时序关联编码以得到报文特征间时序关联特征，接着，对所述多个预定时间点的网络流量数据进行时序特征分析以得到网络流量时序特征，然后，对所述报文特征间时序关联特征和所述网络流量时序特征进行特征融合分析以得到报文特征‑网络流量时序融合特征，最后，基于所述报文特征‑网络流量时序融合特征，确定增大去重表的容量或者减小去重表的容量。这样，可以有效减少网络流量和存储空间的占用。