本发明涉及一种水体内源污染原位生态消除用曝气系统，其包括曝气管，曝气管包括曝气腔和能够向中空纤维膜单元根部释放气体的气体通道，其中气体通道与曝气腔之间以能够被切换的方式进行工作。当曝气腔被切换用于工作时，曝气管仅能够用于曝气；当气体通道被切换用于工作时，曝气管仅能够用于对中空纤维膜束外露在曝气管的安装部之外的根部进行吹气，从而增强中空纤维膜束根部的抖动，能够很好的避免现有中空纤维膜组件因追求装填密度大而根部膜丝过于密集、容易积泥的普遍现象，以保持水处理过程中中空纤维膜丝过滤的有效面积和过滤的均匀性，而且能够有效防止因膜丝根部膜污染的快速发展和蔓延而缩短整束膜丝的使用寿命。