本发明公开了检测假小链双歧杆菌的特异性引物对，本发明还公开了一种基因片段和一种阳性标准质控品以及含有所述的引物对的检测假小链双歧杆菌的试剂盒及其相关应用。本发明还公开了一种检测假小链双歧杆菌的方法。本发明通过泛基因组和核心基因组分析，建立了特定菌种的基因组特异性序列筛选方法，并应用于假小链双歧杆菌特异性引物对的设计，且该引物具备良好的特异性及灵敏度，可用于复杂微生态群落样本的检测，灵敏度达到100拷贝/检测孔。实现了假小链双歧杆菌在种水平的绝对定量检测，将该检测方法应用于微生态样品的检测，并具备良好的特异性和灵敏度。