本发明涉及一种微小型三维磁补偿线圈的线圈常数原位标定的方法。基于体积平均磁场的思想来等效表征微小型线圈的线圈常数，采用已完成线圈常数标定的大线圈来反向标定微小型线圈，有效提高了微小型线圈的线圈常数标定的精度，从而解决了因线圈体积微小(≤1cm3，比磁通门磁强计的体积小)且易发生弯折变形，无法使用传统磁通门磁强计进行线圈常数标定的问题。该方法合理，实验操作简单，且能够实现在微小型线圈装配完毕后对其线圈常数进行标定，有效提升了单个原子磁强计测量磁场的准确性以及阵列式原子磁强计多个探头之间测量磁场的一致性，对于原子磁强计的发展起到了很大的推动作用。