本发明涉及数据库技术领域，尤其涉及一种图数据库和关系数据库的数据一致性校验系统，结点获取模块，用以选择图数据库中的初始结点，并定位初始结点在关系数据库中的源表；解析模块，用以解析与所述初始结点相连的若干边的关系信息；第一校验模块，用以对所述初始结点以及相应的关系信息进行校验；第二校验模块，用以获取与初始结点相连的第二结点的数量，计算任一第二结点校验复杂度，并根据校验复杂度确定对应的校验策略；中控模块，用以将所述源表中的数据实体，与所述第二结点的信息进行匹配，调取该数据实体在关系数据库中对应的二源表，将第二结点的关系信息与对应的二源表中的信息进行校验，本发明提高了数据校验准确性。