本发明公开了一种基于开绕组双三相永磁同步发电机的整流控制系统，包括开绕组双三相永磁同步电机PMSG，开绕组双三相永磁同步电机PMSG中性点打开，定子绕组两侧分别连接变流器J1和J2；变流器J1、J2直流侧共用同一直流源且并联一个母线电容C，每个桥臂上由两个IGBT串联组成；控制器用于采集开绕组双三相永磁同步电机PMSG的端电压、相电流以及直流侧的公共母线电压Udc。本发明还公开了一种基于开绕组双三相永磁同步发电机的整流的控制方法。本发明能有效抑制双三相电机定子电流中的五、七次谐波，同时能抑制由于开绕组结构带来的零序电流。