本发明公开了一种羊栖菜外植体无性增殖育苗的方法，主要涉及羊栖菜藻体的选择及预处理、无菌外植体的制备方法、不定芽的诱导以及不定芽快速增殖为再生幼苗的过程。本育种方法证明，通过改变羊栖菜外植体的所在介质形态及条件可以更好的调控藻体的生理状态，同时，在固体培养基培养至少17天后再转移到含有液体培养基中最好，且后续藻体可正常存活增殖。在本发明中，羊栖菜茎形态学上端也可诱导成苗，羊栖菜茎基部下端可诱导产生不定芽。本发明可有效地解决羊栖菜种质资源来源少、操作条件不明晰、羊栖菜易受外来病虫、细菌侵害难以控制等问题，且实验条件易于调控，可为藻类扩繁及优势种的选择提供一定的参考。