本发明公开了一种亲疏水复合织构微磨头加工方法及骨微磨削装置，涉及磨头加工技术领域，对微磨头基体表面预处理，使基体表面粗糙化；对金刚石磨粒进行热处理，使磨粒亲水化；采用点胶机在基体表面均匀点胶，将磨粒撒在基体表面，使磨粒在基体表面形成有序排布；将带有磨粒的基体置于沉积液中，采用恒压直流电源进行初次沉积；之后在相同成分、相同温度的沉积液中，增大电流密度进行二次沉积；将二次沉积后的基体在设定温度下进行酸蚀处理，使基体表面的镀层形成疏水表面；利用激光刻蚀技术在疏水表面形成亲水条纹，使亲水条纹与疏水条纹交替分布。本发明能够增大对冷却介质的吸附能力，提高冷却介质的冷却效果。