本发明公开了一种多孔硅基纳米酶复合物及其制备方法和应用，属于生物医药技术领域。所述制备方法包括以下步骤：将多孔硅颗粒与贵金属盐在溶液中混合，摇荡后得到贵金属基纳米酶负载的多孔硅；将贵金属基纳米酶负载的多孔硅与碳基纳米酶在溶液中混合，振荡后得到所述多孔硅基纳米酶复合物的溶液。本发明的多孔硅基纳米酶复合物具有良好的纳米酶活性，一方面可作为类POD，催化TME中过表达的H2O2分解产生·OH杀伤肿瘤细胞，另一方面还可作为类GSHOx，氧化TME中过量的GSH，降低癌细胞的抗氧化应激能力。此外，近红外光热刺激可以增强多孔硅基纳米酶复合物的类POD和类GSHOx活性。本发明进一步利用多孔硅基纳米酶复合物制备微针，可以为黑色素瘤等皮肤疾病的治疗提供一种有效的纳米催化策略。