本发明涉及焊接加工技术领域，提供一种特种钢材焊接控制方法及系统，方法包括：获取预设参数、基础低温韧性参数，设置约束条件；随机组合多个焊接参数组合，构建目标函数并寻优，随机选取第一焊接参数组合，获取层间温度以及初始适应度；满足约束条件时，获取金相图像集并输入模型，结合目标函数和初始适应度，计算校正适应度并继续寻优，最终获取最优焊接参数组合并进行焊接控制，解决低温特种钢焊接接头的低温韧性较低，可能会出现接头断裂技术问题，实现避免产生过多的残余应力和变形，提高焊接接头的低温韧性，同步进行金相分析，及时优化焊接控制参数，提升接头承受冲击载荷时的抗断裂能力，进而确保焊接接头的质量符合要求技术效果。