本发明涉及一种抗菌医用钛合金的制备方法和应用，包括如下步骤：(1)以医用钛合金作为基材，将基材置于铜盐水溶液中浸泡，取出后加热烘干，得到表面吸附铜离子的中间基材；(2)将中间基材置于碱水溶液中浸泡，使氢氧化铜在中间基材的表面生长；然后加入醛水溶液进行加热回流，发生还原反应，在基材表面得到氧化亚铜抗菌层，清洗、干燥后得到抗菌医用钛合金；本发明获得的抗菌医用钛合金具有较好的抗菌层耐久性以及低细胞毒性，抗菌效果达到99％以上，细胞毒性达到0‑1级；可应用于外科植入性医疗器械，广泛用于抗菌钛合金接骨板、抗菌钛合金骨针、抗菌钛合金螺钉和抗菌钛合金人工关节等植入性医疗器械中，能够降低植入物引起的感染风险。