本发明公开了一种含顶部架空层的种植屋顶结构及其施工方法，种植屋顶结构包含间混凝土墩、连接于混凝土墩上方且与板保温层顺接连接的墩保温层、连接于板保温层和墩保温层上且满铺的防水层、以及设置于轻质无机基质土层内部的高分子复合蜂巢约束系统；本发明通过混凝土墩的设置，不仅为高分子复合蜂巢约束系统提供了基础的受力，还能保证大坡度屋顶防水和保温的满铺和一体化；通过混凝土墩的对接筋与顶部的架空混凝土板连接，而且混凝土墩顶部直接与架空混凝土板连接，使得架空板的设置连接更具整体性；通过高分子复合蜂巢约束系统的设置，利于将轻质无机基质土层进行分块固定，且通过约束钢丝和拉结件的设置，利于保证连接的整体性。