本发明公开了一种变压器重合闸短路冲击电流计算方法及系统。该方法包括：确定变压器重合闸短路电流计算单相的等值电路；确定故障前流过变压器的电流；输入等值电路参数，端口看入的系统等值阻抗、电源参数，变压器等值阻抗；判断故障线路是否同塔双回，若故障线路为同塔双回，输入故障点处的感应电压，输入线路等值阻抗；设定本次故障点接地阻抗，根据故障前流过变压器的电流，基于等值电路参数，端口看入的系统等值阻抗、电源参数，变压器等值阻抗、感应电压、线路等值阻抗，求变压器重合闸短路冲击电流；当本次故障点接地阻抗大于预定故障点接地阻抗阈值，输出不同接地阻抗、不同接地点感应电压、多次重合闸冲击下的变压器重合闸短路冲击电流。