本发明公开了一种应用于强电磁场的温度模块滤波优化方法及系统包括：通过增大温度采集频率和缩小模块软件采样周期，在单位时间内采集更多的温度信号数据；基于高斯低通滤波器设计滤波器，并结合切比雪夫函数优化滤波器；利用优化后的滤波器去除温度信号数据中不合理的跳变温度值和正弦波干扰，获得处理后的温度信号数据；通过F‑P滤波器对处理后的温度信号数据的低频信号进行滤波处理；本发明提供的方法进一步降低了噪声和干扰的影响，提高了数据的可靠性，且滤波优化后的温度采集模块具有测量范围宽、实用性强、精度高、可靠性高的优点。