本发明公开了一种基于流域综合治理与统筹规划的小流域单元划分方法，该方法包括如下步骤：S1：确定上级流域单元划定；S2：依据自然要素选取小流域的初步范围；S3：依据社会经济要素修正小流域的合理范围；S4：根据划分结果进行校核。本发明的基于流域综合治理与统筹规划的小流域单元划分方法，分别从自然地形和社会经济两个维度进行小流域单元的划分，严谨、科学、全面地开展小流域单元的划分，有助于合理划定小流域单元的实际边界，编制更加具有指导性和可操作性的流域单元划分方法。