本发明公开一种融合电气量与时钟信息的多端电气量保护同步方法与系统，属于多端电气量保护技术领域，所述方法包括：外部对时正常时，保护装置采样，并确定同步参考电气量，接收外部秒脉冲；保护装置根据接收的秒脉冲调整采样时刻，并进行周波和采样点编码，采用周波编号和采样序号实现基于绝对时标的保护装置数据同步；外部对时异常时，按对时异常处理的保护装置基于采样正向过零点时间偏差变化量进行采样同步。本发明融合同步参考电气量与时钟信息，在外部对时正常时基于绝对时标同步，外部对时异常时基于采样正向过零点时间偏差变化量同步，可以最大程度提供保护装置对时可靠性。