本发明提供了一种用于管型燃料元件的三轴打孔装置，包括安装背板，所述安装背板的正面安装有三分安装板，所述安装背板和所述三分安装板同轴开设有轴孔，所述三分安装板上安装有三组电主轴，每组所述电主轴能沿其钻进方向往复移动以对管型燃料元件进行钻孔。本发明采用三个电主轴同时打孔，可同时抵消钻头对管型燃料元件的应力，效率高，精度高。分别通过负压头和防护罩对管型燃料元件内部和外部的金属碎屑进行收集，避免对环境造成污染，金属碎屑及时收集不会对其他机械产生影响。