本申请提供了一种三维光学医用内窥镜装配设备及方法，应用于医用内窥镜技术领域，通过沿光路依次设置的双目物镜调节模块，可以对物镜位置进行精准调节；设置双目光路固定模块，可以对双目镜管组进行固定，保证双目镜管组安装的稳定性；设置双目光路焦距对齐模块，可以调节双目镜管组中调焦镜管组的位置，使得调焦镜管组中输出的图像与定焦镜管组中输出的图像一致，进而提高了三维成像图像的质量。通过三维光学医用内窥镜装配设备以及方法对三维光学医用内窥镜的各部件进行精密的位置调整，抵消了所有零件加工累计误差，具备提高图像成像质量以及三维成像效果的有益效果。