本发明涉及电力测量技术领域，公开了一种输电线路通航净高测量方法及系统，本方法通过红外感光传感器计算红外激光信号的往返时间测量结果，并采用自适应卡尔曼滤波算法对红外激光信号的往返时间测量结果进行优化，利用优化后的红外激光信号的往返时间测量结果计算输电线路的弧垂最低点与水面之间的距离为输电线路通航净空高度，从而可以不间断地进行激光测距，提高输电线路通航净空高度测量结果的计算实时性，并对优化后的红外激光信号的往返时间测量结果进行优化，提高看输电线路通航净空高度测量结果的计算准确性。