本发明涉及油气勘探开发领域，具体公开了一种水驱油藏井网与射孔层段综合调整优化方法及系统，该方法包括：步骤1，搜集并整理目前油藏区块的地质及开发资料，确定加密井数、加密井区域、关停井数、井别转换井数；步骤2，设定井网与射孔层段综合调整优化参数，完成井网与射孔层段综合调整的优化准备工作；步骤3，以累积产油量最大为目标，构建井网与射孔层段综合调整优化数学模型；步骤4，采用全局随机搜索算法，优化求解井网与射孔层段综合调整优化数学模型，确定最优的井网与射孔层段综合调整方案。本发明能够提高井网与射孔层段综合调整参数优化的全面性和针对性，实现了井网与射孔层段综合调整参数的自动优化，经济高效改善油藏开发效果。