本发明公开了一种考虑分布式电源接入的馈线自动化的故障处理方法及系统，变电站出口动作，线路开关不动作，将故障信号上送主站。然后主站根据终端上送的信号启动分析，先判断分布式电源是否全部脱网，只有全部脱网时，才会下发遥控指令合闸断路器，否则拉开所有未脱网的分布式电源开关。接下来进行故障定位、反孤岛、故障隔离、非故障供电恢复，最后进行分布式电源重新并网。本发明降低分布式电源带来的影响，形成了分布式电源大量接入后的能够继续自动化处理故障的方法，从而实现主站下发指令，终端执行命令的集中式馈线自动化。