本发明提供一种安全通讯系统、方法以及存储介质，属于通讯安全领域，根据用户终端设备数据构建用户终端数据集及用户终端秘钥；根据设备身份认证发起指令、用户终端秘钥以及用户终端数据集进行设备身份认证得到设备身份认证结果；导入服务端数据，根据服务端数据构建服务端数据集及服务端秘钥；根据服务端身份认证发起指令、服务端秘钥及服务端数据集进行服务端身份认证得到服务端身份认证结果；根据服务端身份认证结果及用户终端秘钥进行秘钥交换得到安全通讯结果。本发明用于多厂家、多种类、大批量设备安全接入场景中物联网平台与设备间基于双向身份认证建立安全通讯链路，有效降低物联网平台新设备接入难度和成本，提升数据通讯安全性。