本发明公开一种基于心磁图的疾病特征提取方法及心血管疾病预测系统，涉及心磁信号的处理分析技术领域，包括：对心磁图进行波段分割；基于各波段心磁信号中每个心磁通道的磁场强度和通道位置，构建含有心磁特征的二维等磁图和电流密度图；对二维等磁图和电流密度图均提取LBP类特征；分别计算二维等磁图和电流密度图中的主要场，将主要场转换为灰度图和二值图，采用二值图提取主要场的连通区域，采用灰度图提取连通区域内的形状类特征和像素类特征；根据LBP类特征、形状类特征和像素类特征构建疾病心磁特征参数集，弥补现有心磁参数缺少图像类特征的不足，丰富心磁特征种类，提供更多心脏电生理的信息，有助于疾病辅助诊断。