本发明公开了一种用于评价砂泥岩互层裂缝的纵向穿层能力的方法及系统，该方法包括：根据待分析岩石互层所在地层的剖面特征，结合测井资料，获得位于待分析岩石互层中不同层位的砂岩和泥岩的厚度、以及最小水平主应力，基于此，建立砂泥岩互层纵向模型；对待分析岩石互层所在地层的砂岩岩心和泥岩岩心来实施岩石力学实验，获取相应的岩石力学参数，并根据岩石力学参数，计算当前砂泥岩互层的界面强度；根据砂泥岩互层纵向模型、以及岩石力学参数和界面强度，结合影响砂泥岩互层裂缝纵向穿层特征的相关参量，来模拟待分析岩石互层的纵向穿层裂缝，从而对砂泥岩互层裂缝纵向穿层能力进行评价。本发明能够准确评价砂泥岩互层裂缝的纵向穿层能力。