本发明公开了一种磁巴克豪森噪声信号的处理方法，包括如下步骤：收集原始磁巴克豪森噪声信号并进行调理，得到调理的磁巴克豪森噪声信号；对调理后的磁巴克豪森噪声信号进行数值转化和预处理，得到预处理的磁巴克豪森噪声信号；对预处理后的磁巴克豪森噪声信号进行小波分析，进行降阶分解去除磁巴克豪森噪声在基线的噪声与毛刺；通过提取激励信号的最大值和最小值进而确认激励信号的周期数以及上升周期和下降周期；在激励信号的上升周期和下降周期分别绘制磁巴克豪森噪声信号的包络，利用移动窗的均方根进行包络线的绘制，提取基于包络线的特征参数。本发明的磁巴克豪森噪声信号的处理方法，提取的磁巴克豪森噪声信号的基线干净，噪声以及毛刺大大减小。