本发明公开计及时序互补特性的AGC指令两阶段分配方法，步骤为：1)将电力系统实际运行阶段的调频需求分为预测调频需求和实时调频需求；2)建立AGC指令超前优化分配模型，并进行解算，得到AGC指令超前分配方案；3)根据AGC指令超前分配方案，在超前分配阶段调度火电和水电机组响应预测调频需求；在实时分配阶段，调度部分水电和储能响应实时调频需求。本发明能够通过与不同品类调频资源调节特性适配的AGC指令分配，实现各类资源的协调互补利用，充分保障调频资源对于AGC指令的响应能力，提升系统频率质量。