本发明属于光伏发电装置技术领域，公开一种新能源发电并网装置控制结构识别方法及系统；所述方法包括：通过电压扰动信号注入测量黑盒装置交流阻抗，根据谐振频率点附近阻抗阻尼变化率识别黑盒装置有源阻尼控制结构；依据典型控制结构建立阻抗解析结果，根据电流环控制带宽和相位裕度极限取值范围内阻抗解析结果与黑盒装置阻抗测量结果拟合误差大小，识别黑盒装置虚拟阻抗控制结构；最后，根据装置整体控制结构建立修正阻抗解析结果，通过优化算法将修正阻抗解析结果与黑盒装置交流阻抗拟合，识别得到黑盒装置电流环控制、有源阻尼控制、虚拟阻抗控制的控制参数，完成控制识别。本发明能够准确有效获取黑盒装置控制结构及参数。