本发明公开了一种甜菜醒芽装置及醒芽方法，涉及种子醒芽技术领域。本发明包括醒芽系统、上水浴控温系统和下水浴控温系统，醒芽罐体中心处设置有上下通口的双腔连通控制腔，醒芽罐体内部阵列设置有若干组醒芽腔室，醒芽腔室均设在双腔连通控制腔周侧，上水浴控温系统同轴心安装在醒芽罐体顶部，上水浴控温系统包括与醒芽腔室一一对应的第一推压机构，下水浴控温系统同轴心安装在醒芽罐体底部，下水浴控温系统包括与醒芽腔室一一对应的第二推压机构。本发明可实现储种腔内的甜菜种子随水流在储水腔和储种腔之间的交替式混合，不会导致甜菜种子表层的破裂，从而大大提高了醒芽过程中甜菜种子的醒芽效果。