本发明提供一种反空间电子侦查干扰方法及系统，该方法包括以下步骤：控制发射信号功率与干扰信号功率进行交替设置，并使功率差值大于预设值；对干扰信号波形数据的信号频率进行动态调整，并控频率差值位于预设的频率范围内；将调整后的干扰信号波形数据与发射信号波形数据进行合路处理，并通过天线进行发射。通过采用干扰信号和有用发射信号进行强弱交替的输出方式，使目标对象难以通过门限检测将有用发射信号和干扰信号进行区分；并通过对干扰信号进行动态调整，使目标对象的鉴相器难以区分有用发射信号和干扰信号，提高干扰效果，通过另外设置干扰信号波形数据进行干扰，在防止信号失真的基础上，有利于有用发射信号的传输。