本发明涉及一种柔性作业车间多目标优化动态调度方法和系统，属于柔性作业车间调度技术领域，解决了现有技术中不考虑不确定因素或仅考虑单一的不确定因素无法满足实际生产调度的问题，方法包括以下步骤：以最小化总加工时间、总加工成本和总加工质量系数为目标构建调度模型并添加约束条件；根据调度周期和扰动影响判断是否进行动态调度；当到达调度周期或者发生扰动并且扰动影响指数大于阈值时，则基于所述调度模型和约束条件采用自适应的NSGA‑II算法生成新的调度方案。