本发明提供了一种电容式电压互感器计量误差值的预测方法及系统。应用于数据处理技术领域，所述方法包括获取各第一误差评估值及对应时刻，得到第1时间序列；对所述第一误差评估值和对应温度的温度附加误差值进行计算，得到对应第二误差评估值；对根据各所述第二误差评估值及对应时刻得到的第2时间序列进行分解，得到残差分量和各误差分量；将所述残差分量、各所述误差分量、获取到的二次负载电压和二次负载电流发送至预设GFTGNN预测模型，得到输出预测值；对所述残差分量预测值、误差分量预测值、计算得到的二次负载附加误差值及对应温度附加误差值进行计算，得到电容式电压互感器计量误差预测值，提高对电容式电压互感器计量误差值预测的准确性。