本发明公开了一种修复重金属污染土壤的微生物复合菌剂，每100份微生物复合菌剂包括以下重量份数的组分：粪纤维单胞菌5份、硝基还原假单胞菌10份、蛋白胨30份、酵母膏35份和氯化钠20份。本发明提供的微生物复合菌剂包含粪纤维单胞菌和硝基还原假单胞菌两种微生物，具有组成简单的优点。通过本发明的实验可以看出，这两种微生物在土壤中能够快速适应土壤环境，并进行大量扩繁，具有实用性高，见效快等优点。本发明提供的微生物复合菌剂能够高效的去除土壤中多种重金属，达到修复土壤的效果。此外，通过本发明中的粪纤维单胞菌和硝基还原假单胞菌两种微生物可以高效的互作提高重金属去除效率，增加了本发明的实用性。