本发明公开了一株微小杆菌DS2及其应用，属于微生物技术领域。所述微小杆菌DS2分离自烟台长岛网箱养殖区底泥，具有降解硫代硫酸钠、氮盐、磷盐和高锰酸盐的能力，对海水鱼类和底栖生物安全，保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，分类命名为微小杆菌Exiguobacterium sp.保藏编号为CGMCC NO.27268，保藏日期为2023年05月05日，保藏地址为北京市朝阳区北辰西路1号院3号。该菌可用于养殖海区底泥中硫化物和水体中总氮、总磷、高锰酸盐的去除。