本发明提供一种位于大豆3号染色体上的大豆粒蛋白含量相关的分子标记及其应用。属于植物鉴定领域。为了快速和准确的筛选高蛋白优质大豆品种。本发明提供一种大豆粒蛋白含量相关的分子标记，所述分子标记的基因为Glyma.03G219900，且在1644位上的核苷酸位点为A或T，以及上述这些标记在制备检测大豆高蛋白含量的试剂盒中的应用和筛选方法。通过对标记的选择来实现对性状的选择，大幅度提高育种效率，实现定向改良大豆品种的作用即可以选择出高蛋白的大豆品种。