本申请公开了一种基于GPU的全同态加解密方法、电子设备和存储介质，所述基于GPU的全同态加解密方法包括：获取算法参数，并通过预设生成器生成上下文参数和密钥；基于预设编码器、所述算法参数、所述上下文参数和所述密钥对待处理明文数据进行编码和加密，得到密文数据；根据自定义计算任务，对所述密文数据进行计算处理，得到密文计算结果；对所述密文计算结果进行解密和反编码，获得目标明文数据。本申请的技术方案结合了GPU覆盖了全同态加解密的计算全流程，提高了隐私计算流程的执行效率。