本发明公开一种包含荧光假单胞菌的微生物菌剂及其制备方法和应用，属于微生物技术领域。本发明微生物菌剂包括荧光假单胞菌、生癌肠杆菌、拜氏固氮菌和生物炭。本发明使用石榴皮生物碳与微生物共培养进行微生物的吸附和固定，增强生物炭在土壤中对于微生物的保护作用，保证微生物持续有效的发挥作用。本发明微生物菌剂可高效防治烟草青枯病，提升烟草品质，同时调节土壤活性，成分绿色环保健康，对土壤没有负面作用，是维持土壤生态系统平衡，成为有效抑制青枯病的绿色、环保和可持续的方法之一。